Der Artikel „Aberglaube“ der Enzyklopädie stellt diesen als „schrecklichste Plage der Menschheit“ („le plus terrible fléau de l’humanité“) vor. Aberglaube ist gewissermaßen das Gegenteil von Aufklärung. Er widerspricht der Vernunft und den „gesunden Ideen, die man vom höchsten Wesen haben muß“. Dies bedeutet, dass die Enzyklopädie Aufklärung nicht im Gegensatz zur Annahme eines höchsten Wesens versteht. Der Artikel „Denkfreiheit“ argumentiert dafür, dass selbst der Glaube an Gott nicht bedeuten darf, „unserer Vernunft Fesseln an[zu]legen, […] als ob die Wahrheit Angst haben müßte, in hellem Licht zu erscheinen“. Der Aberglaube hat zur Folge, dass er die Vernunft ‚verwirrt‘ („troubler“). Konkret kann der Aberglaube in Fanatismus münden, also in eine Form von Radikalisierung der Unvernunft.
Hinsichtlich des Begriffs des Tieres stellt die Enzyklopädie fest, dass die Unterscheidung von „Tier“ und „Nicht-Tier“, d.h. unsere Definition und unser Begriff des Tieres „nur künstliche Methoden“ sind. Strenge Unterscheidungen im Reich der Natur sind sogar problematisch, weil die Natur sich immer kontinuierlich entwickelt, denn sie geht „in unmerklichen Nuancen vom Tier zur Pflanze über“. Klare Trennungslinien „existieren keinesfalls in der Natur“, denn „[e]s gibt Wesen, die weder Tiere noch Pflanzen und auch nicht Mineralien sind und die man vergeblich dem einen oder dem anderen zuordnen würde“. Hier wären etwa Pilze zu nennen.
Die Enzyklopädie vertritt die Auffassung, dass die Menschen den „ersten Rang in der Natur“ einnehmen, gefolgt von Tieren, Pflanzen und Mineralien. Sie argumentiert dafür, dass wir „nicht in einer einzigen Definition“ das menschliche Wesen bestimmen können, und verweist u.a. auf den Artikel „Anatomie“, der den organischen Körperbau des Menschen betrifft. Aus anatomischer Sicht sind alle Menschen sehr ähnlich. Sie haben in der Regel die selben Organe und eine ähnliche Form. Anders verhält es sich dagegen, wenn wir den Menschen aus individueller Perspektive als „jenes Wesen, das denkt, will und handelt“ betrachten.
Der französische Philosoph Julien Offray de La Mettrie (1709-1751) dagegen bestimmt den Menschen ausschließlich aus anatomischer, d.h. naturalistischer Perspektive: „Öffnen wir das Innere des Menschen und der Tiere. Wie könnte man denn die menschliche Natur erkennen, wenn man über sie nicht durch einen richtigen Vergleich des inneren Baus des Menschen und der Tiere unterrichtet wäre?“ (53) La Mettrie bestimmt den Menschen durch seine relative Größe des Gehirns. Er führt die Existenz des Geistes auf die Instinktarmut des Menschen zurück. Aus naturalistischer Sicht ist „[d]er Übergang von den Tieren zum Menschen ist kein gewaltsamer“, d.h. es gibt keinen qualitativen, sondern nur einen quantitativen Unterschied. Nach La Mettrie liegen unsere geistigen Eigenschaften in unseren natürlichen begründet: „Dieser organische Bau ist der erste Vorzug des Menschen. Vergeblich erkennen alle Autoren der Sittenlehre den beachtenswerten Eigenschaften, die wir von der Natur empfangen, nicht denselben Wert zu wie den Talenten, die wir durch großen Fleiß und langes Nachdenken erwerben; denn woher, frage ich, kommt die Geschicklichkeit, das Wissen, die Tugend, wenn nicht von einer Veranlagung, die uns befähigt, geschickt, wissend und tugendhaft zu werden? Und woher kommt diese Veranlagung, wenn nicht von der Natur? Wir besitzen nur dank der Natur schätzenswerte Eigenschaften; wir verdanke0 ihr alles, was wir sind.“ (75)