Teleologie ist nach Kant ein Phänomen nicht der Natur, sondern der reflektierenden Urteilskraft. Die zweckhafte Verfasstheit der Natur sagt nur etwas darüber aus, wie wir über sie Urteilen. Wir urteilen also die Zweckmäßigkeit in die Natur hinein. Kant rekonstruiert die Freiheit des Organismus, von der Goethe mit Blick auf den Bildungstrieb sprach, durch die Wirkungsweise des Vermögens der Urteilskraft. Gemäß Kants „Tafel der oberen Seelenvermögen“ sind sowohl das Vermögen der praktischen Vernunft als auch das Vermögen der Urteilskraft auf Zwecke ausgerichtet. Während die praktische Vernunft dem Endzweck des Menschen als Moralität gilt, und damit unsere moralische Freiheit bedingt, betrifft die (reflektierende) Urteilskraft die Zweckmäßigkeit in der Natur und in der Kunst. Insofern kann der Urteilskraft eine bestimmte Form der Freiheit zugeschrieben werden. Da die Kritik der Urteilskraft die Natur so unter dem Gesichtspunkt einer rudimentären (nicht moralischen) Zweckmäßigkeit und Freiheit betrachtet, kann sie eine Brücke schlagen zwischen der Kritik der reinen Vernunft, die die bloß mechanisch verfasste Natur betrachtet, und der Kritik der praktischen Vernunft, die unsere moralische Kausalität der Freiheit thematisiert.

Kant unterscheidet bezüglich der teleologischen Beurteilung der Natur zwischen verschiedenen Positionen: Der Okkasionalismus fasst die Natur rein mechanisch auf und bringt die organische Form von außen, z.B. einer göttlichen Ursache, bei der Gelegenheit der Paarung von Lebewesen ins Spiel. Der Nachteil dieser Position besteht darin, dass eine hyperphysische (nicht: metaphysische) zusätzliche Kausalität angenommen werden muss und die Natur nicht eigenständig beurteilt und naturwissenschaftlich untersucht werden kann. Zudem müsste die organische Form bei jeder typischen Regung des Bildungstriebes – Zeugung, Nutrition und Reparation – ins natürliche Spiel gebracht werden. Die organische Form wird hier also nicht selbst ausgebildet. Der Prästabilismus geht davon aus, dass die organische Form als Anlage in die ersten Lebewesen eingebracht wurde, wobei sich die Gattungen dann selbständig durch Reproduktion über die Zeit hinweg erhalten. Kant unterscheidet hierbei wiederum zwischen einer Evolutionstheorie und einer Epigenesis-Theorie, die er auch Involutionstheorie nennt. Die Evolutionstheorie geht von einer individuellen Präformation aus, während die Epigenesis-Theorie von einer generischen Präformation ausgeht. Die Evolutionstheorie betrachtet die Lebewesen als gezeugt im Sinne der Edukte („Entfaltungen“), während die Epigenesis-Theorie die Lebewesen als durch Produktion gezeugt begreift. In ihnen ist bereits das Vermögen der Produktion als Anlage in der Gattung enthalten. Gemäß der Evolutionstheorie sind gezeugte Nachkommen nicht Produkte eines organischen Naturvermögens, sondern Entfaltungen und Entwickelungen einer „Einschachtelung“, die von außen als Form eingebracht werden muss. Die Evolutionstheorie nimmt nach Kant jedes Individuum „von der bildenden Kraft der Natur aus“, lässt es also nicht generisch von der Natur formieren. Nach Kant gestehen die Evolutionstheoretiker nicht dem gesamten gezeugten Organismus eine bildende Kraft zu (wie es die Epigenesis-Vertreter tun), sondern nur dem männlichen Samen. Die Epigenesis-Theorie nimmt nur für die allererste organische Form eine hyperphysische Ursache an, da diese durch die Physik nicht erklärt werden kann. Alle weitere Zeugung, Nutrition und Reproduktion unterliegt dann dem Bildungstrieb der Natur, die hier in gewisser Weise als ein Subjekt fungiert. Kant lobt Blumenbach dafür, dass er in seiner Epigenesis-Theorie „durch die Beschränkung eines zu vermessenen Gebrauchs“ einen kritischen Begriff des teleologischen Prinzips entwickelt hat. Dieses besteht darin, dass er organisierte/lebendige Materie von roher/toter bzw. mechanisch strukturierter Materie unterscheidet. Er schließt die Möglichkeit aus, „daß rohe Materie sich nach mechanischen Gesetzen ursprünglich selbst gebildet habe, daß aus der Natur des Leblosen Leben habe entspringen und Materie in die Form einer sich selbst erhaltenden Zweckmäßigkeit sich von selbst habe fügen können“. Doch hat der Naturmechanismus dennoch Anteil an der Bildung von Organismen, was Kant die „mechanische Bildungskraft“ der Materie im Unterschied zum organischen Bildungstrieb nennt, der unter dem Prinzip der ursprünglichen Organisation steht. Kant unterscheidet also zwischen drei Arten von wirkenden Kräften, die er den verschiedenen Vermögen des Menschen zuordnet:

Mechanische Bildungskraft: Verstand und wirkursächlich verstandene Natur
Organischer Bildungstrieb: (reflektierende) Urteilskraft der zweckmäßigen Natur
Moralische Triebfeder der Achtung: Reine praktische Vernunft des Endzwecks der Moralität

In seiner Kritik der praktischen Vernunft befasst sich Kant mit der Frage, welches die genuin moralischen Bestimmungsgründe unseres Willens sind. Der Wille darf nicht durch individuelle Neigungen oder Gefühle bestimmt werden, um zu moralischen Handlungen zu führen. Um moralisch handeln zu können, muss unser Wille unmittelbar durch das Sittengesetz (die Forderung des kategorischen Imperativs) bestimmt werden. Handeln wir zwar gemäß dem Sittengesetz, indem wir etwa nicht lügen oder stehlen, so handeln wir doch nur legal, aber nicht moralisch. Das einzige Motiv, welches nach Kant eine genuine moralische Triebfeder ist, ist das moralische Gefühl der Achtung. Dieses Gefühl ist nach Kant „vernunftgewirkt“, was sehr schwer nachzuvollziehen ist. Hinzu kommt die Problematik, dass Kant eine mechanistische Metapher verwendet, um unsere freie moralische Motivation zu explizieren. Denn Triebfedern sind etwa Bestandteile von Uhren, die rein naturkausal funktionieren. Das Sittengesetz ist nach Kant die höchste, moralische Form, die für den Menschen gelten soll. Diese Form steht in einer gewissen Analogie zur Form von Naturzwecken, die sich auch selbst bestimmen. Während für Herder eine ontologische Kontinuität der Formen bis zur höchsten Form der Moralität im Sinne der Aufklärung ihrer Struktur besteht, ist diese Kontinuität nach Kant nur analogisch – zwischen absolut-moralischem Endzweck der Moral und relativ-organischem Naturzweck des Lebens.